VMM(仮想マシンモニタを使わない＝GuestOSで動かしてないもの）

VMScope(Stealthy Malware Detection Through VMM-Based “Out-of-the-Box” Semantic View Reconstruction)
http://www.csc.ncsu.edu/faculty/jiang/pubs/CCS07.pdf
TTAnalyze(TTAnalyze: A Tool for Analyzing Malware)
http://www.seclab.tuwien.ac.at/papers/ttanalyze.pdf
これら2つはQEMUをベースとしているらしい（追記：VMScopeのほうはタイトルからしてVMM使うぽいですね）。

VMMをベースとしてゲストOSでエミュレーションを行うもの、エンジンの中だけでエミュレーションをやっているものなど実装も幾つかあるようです。